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- Markov-Modellierung nichtreversibler biomolekularer Dynamik mit Anwendungsbeispiel
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Table of contents (5 chapters)
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Front Matter
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Back Matter
Keywords
- Markov-Modellierung
- Markov State Models
- MSM
- Nichtreversible Prozesse
- Molekular-Dynamik
- MD
- Nichtautonome Systeme
- Proteindynamik
- Nichtgleichgewichtssysteme
- Amyloid-β-(1-40)-Konformationsdynamik
- Mikrowelleneinfluss
- biomolekulare Dynamik
- Perron-Cluster-Cluster-Analyse
- PCCA+
- Generalisierte-Perron-Cluster-Cluster-Analyse
- G-PCCA
About this book
Markov State Models (MSM) sind der Goldstandard zur Modellierung biomolekularer Dynamik, da sie die Identifizierung und Analyse metastabiler Zustände ermöglichen. Die robuste Perron-Cluster-Cluster-Analyse (PCCA+) ist ein verbreiteter Spectral-Clustering-Algorithmus, der für das Clustering hochdimensionaler MSM verwendet wird. Da die PCCA+ auf reversible Prozesse beschränkt ist, wird sie zur Generalisierten PCCA+ (G-PCCA) verallgemeinert, die geeignet ist, nichtreversible Prozesse aufzuklären. Bernhard Reuter untersucht hier mittels G-PCCA die nichtthermischen Auswirkungen von Mikrowellen auf die Proteindynamik. Dazu führt er molekulardynamische Nichtgleichgewichtssimulationen des Amyloid-β-(1–40)-Peptids durch und modelliert diese.
Der Autor:
Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.
Authors and Affiliations
About the author
Bibliographic Information
Book Title: Generalisierte Markov-Modellierung
Book Subtitle: Modellierung irreversibler β-Amyloid-Peptid-Dynamik unter Mikrowelleneinfluss
Authors: Bernhard Reuter
DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-658-29712-1
Publisher: Springer Spektrum Wiesbaden
eBook Packages: Life Science and Basic Disciplines (German Language)
Copyright Information: Springer Fachmedien Wiesbaden GmbH, ein Teil von Springer Nature 2020
Softcover ISBN: 978-3-658-29711-4Published: 17 March 2020
eBook ISBN: 978-3-658-29712-1Published: 16 March 2020
Edition Number: 1
Number of Pages: VIII, 172
Number of Illustrations: 29 b/w illustrations, 15 illustrations in colour
Topics: Mathematical and Computational Biology, Computational Mathematics and Numerical Analysis, Statistics for Life Sciences, Medicine, Health Sciences, Theoretical and Computational Chemistry, Protein Science, Computer Applications