Generalisierte Markov-Modellierung

Modellierung irreversibler β-Amyloid-Peptid-Dynamik unter Mikrowelleneinfluss

Authors: Reuter, Bernhard

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  • Markov-Modellierung nichtreversibler biomolekularer Dynamik mit Anwendungsbeispiel

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About this book

Markov State Models (MSM) sind der Goldstandard zur Modellierung biomolekularer Dynamik, da sie die Identifizierung und Analyse metastabiler Zustände ermöglichen. Die robuste Perron-Cluster-Cluster-Analyse (PCCA+) ist ein verbreiteter Spectral-Clustering-Algorithmus, der für das Clustering hochdimensionaler MSM verwendet wird. Da die PCCA+ auf reversible Prozesse beschränkt ist, wird sie zur Generalisierten PCCA+ (G-PCCA) verallgemeinert, die geeignet ist, nichtreversible Prozesse aufzuklären. Bernhard Reuter untersucht hier mittels G-PCCA die nichtthermischen Auswirkungen von Mikrowellen auf die Proteindynamik. Dazu führt er molekulardynamische Nichtgleichgewichtssimulationen des Amyloid-β-(1–40)-Peptids durch und modelliert diese.

Der Autor:

Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.

About the authors

Bernhard Reuter forscht in der Gruppe Methoden der Medizininformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen und der Gruppe Computational Molecular Design am Zuse Institut Berlin. Ein Schwerpunkt seiner Forschung ist die Simulation und Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtssysteme. Er entwickelt u.a. datenbasierte Methoden zur Modellierung biomolekularer Nichtgleichgewichtsprozesse.

Table of contents (5 chapters)

Table of contents (5 chapters)
  • Einleitung

    Pages 1-13

    Reuter, Bernhard

  • Grundlagen

    Pages 15-31

    Reuter, Bernhard

  • Theorie

    Pages 33-73

    Reuter, Bernhard

  • Anwendung: Modellierung der Aβ40-Konformationsdynamik

    Pages 75-149

    Reuter, Bernhard

  • Zusammenfassung

    Pages 151-154

    Reuter, Bernhard

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Bibliographic Information

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Book Title
Generalisierte Markov-Modellierung
Book Subtitle
Modellierung irreversibler β-Amyloid-Peptid-Dynamik unter Mikrowelleneinfluss
Authors
Copyright
2020
Publisher
Springer Spektrum
Copyright Holder
Springer Fachmedien Wiesbaden GmbH, ein Teil von Springer Nature
eBook ISBN
978-3-658-29712-1
DOI
10.1007/978-3-658-29712-1
Softcover ISBN
978-3-658-29711-4
Edition Number
1
Number of Pages
VIII, 172
Number of Illustrations
29 b/w illustrations, 15 illustrations in colour
Topics