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Methods in Molecular Biology

Protein-Protein Interaction Networks

Methods and Protocols

Herausgeber: Canzar, Stefan, Ringeling, Francisca Rojas (Eds.)

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  • Includes cutting-edge methods and protocols
  • Provides step-by-step detail essential for reproducible results
  • Contains key notes and implementation advice from the experts
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Über dieses Buch

This volume explores techniques that study interactions between proteins in different species, and combines them with context-specific data, analysis of omics datasets, and assembles individual interactions into higher-order semantic units, i.e., protein complexes and functional modules. The chapters in this book cover computational methods that solve diverse tasks such as the prediction of functional protein-protein interactions; the alignment-based comparison of interaction networks by SANA; using the RaptorX-ComplexContact webserver to predict inter-protein residue-residue contacts; the docking of alternative confirmations of proteins participating in binary interactions and the visually-guided selection of a docking model using COZOID; the detection of novel functional units by KeyPathwayMiner and how PathClass can use such de novo pathways to classify breast cancer subtypes. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary hardware- and software, step-by-step, readily reproducible computational protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.


Cutting-edge and comprehensive, Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols is a valuable resource for both novice and expert researchers who are interested in learning more about this evolving field.


Inhaltsverzeichnis (18 Kapitel)

Inhaltsverzeichnis (18 Kapitel)
  • Predicting Protein–Protein Interactions Using SPRINT

    Seiten 1-11

    Li, Yiwei (et al.)

  • Automated Extraction and Visualization of Protein–Protein Interaction Networks and Beyond: A Text-Mining Protocol

    Seiten 13-34

    Raja, Kalpana (et al.)

  • Construction of Functional Protein Networks Using Domain Profile Associations

    Seiten 35-44

    Shim, Jung Eun (et al.)

  • Reconstruction of Protein–Protein Interaction Networks Using Homology-Based Search: Application to the Autophagy Pathway of Aging in Podospora anserina

    Seiten 45-55

    Koch, Ina (et al.)

  • Predicting Interacting Protein Pairs by Coevolutionary Paralog Matching

    Seiten 57-65

    Gueudré, Thomas (et al.)

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Bibliografische Information

Bibliographic Information
Buchtitel
Protein-Protein Interaction Networks
Buchuntertitel
Methods and Protocols
Herausgeber
  • Stefan Canzar
  • Francisca Rojas Ringeling
Titel der Buchreihe
Methods in Molecular Biology
Buchreihen Band
2074
Copyright
2020
Verlag
Springer US
Copyright Inhaber
Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature
eBook ISBN
978-1-4939-9873-9
DOI
10.1007/978-1-4939-9873-9
Hardcover ISBN
978-1-4939-9872-2
Buchreihen ISSN
1064-3745
Auflage
1
Seitenzahl
XI, 286
Anzahl der Bilder
18 schwarz-weiß Abbildungen, 79 Abbildungen in Farbe
Themen